Matthias Giesen studierte in den Jahren 1993-2001 an den Musikhochschulen in Köln und Stuttgart die Fächer Kirchenmusik, Orgel (bei Bernhard Haas), Musiktheorie (bei Johannes Schild und Friedrich Jäcker) und Hörerziehung, sowie Musikwissenschaft und Philosophie an der Universität Salzburg. Vertiefende musiktheoretische Studien führten ihn 1999 an die Musik-Universität Wien. 1999 wurde er Stiftsorganist in St. Florian. Von 2003-17 arbeitete er dort als Stiftskapellmeister. Von 2003-17 war er Dozent für die Fächer Musiktheorie, Analyse und Gehörbildung an der Musik-Universität in Wien. Zahlreiche Vorträge zu den verschiedensten musiktheoretischen und organologischen Themen führten ihn zu vielen europäischen Kongressen und Symposien. Seine mittlerweile fast 30jährige Konzerttätigkeit als Organist erstreckt sich auf alle fünf Kontinente und auf die meisten europäischen Länder. 2020 erhielt er den Recording of the Year award der Bruckner Society of America für die Einspielung seiner Orgel-Transkription von Bruckners V. Sinfonie. Seit März 2019 ist er Professor für Musiktheorie an die Anton-Bruckner-Privatuniversität in Linz, zusätzlich hat er derzeit eine Lehrstuhlvertretung für Analyse an der Wiener Musik-Universität. Seit 2014 ist er auch regelmäßiger Gastdozent an der Grieg-Akademie der Universität Bergen/Norwegen. Derzeit arbeitet Giesen an einer Dissertation über Satzmodelle im Werk Anton Bruckners.