Die erste urkundliche Erwähnung Selzens ist im Jahr 782 als "Salzen" zu finden. Wenn es bereits in fränkischer Zeit ein Kirchengebäude gab, dürfte es sich an der Stätte der heutigen evangelischen Pfarrkirche befunden haben. Bis zum 16. Jahrhundert gehörte Selzen mit seiner Pfarrkirche zum Erzbistum Mainz und unterstand dem Archidiakonat des St. Viktorstifts bei Weisenau. Aus dem Selzer Kirchweihtermin (8. September) geht hervor, dass schon die einstige Pfarrkirche dem Geheimnis der Geburt Mariens geweiht war.

Zweites historisches Gotteshaus war die untergegangene St. Aegidienkapelle an der Kapellenstraße. Sie wurde von einem 1365 erstmals erwähnten Kaplan betreut, der dem Pfarrer der Marienkirche unterstand. Seit dem 17. Jahrhundert baufällig, wurde sie zu einem nicht mehr bekannten Zeitpunkt abgebrochen.

1705 wurden die Kirchen an die Konfessionen verteilt, die Selzer Pfarrkirche verblieb bei den Reformierten, die Katholiken durften das Erdgeschoss des seinerzeit neu erbauten Rathauses als Kapelle nutzen. Es darf vermutet werden, dass dies ein Hauptgrund für den vom Kurfürsten um 1700 veranlassten Bau war; es war auch der eigentliche Grund für den Abbruch im Jahre 1875. Im Zuge dieses ,,Kulturkampfs" erhielt Selzen dann 1876 seine heutige katholische Pfarrkirche, wiederum dem Geheimnis der Geburt Mariä geweiht.

Nachdem die Katholiken 1875 ihren Gottesdienstraum verloren, wurde hinter dem alten Friedhof 1876 ein neugotisches Kirchlein nach Plänen des Mainzer Architekten Lucas gebaut und am 11. September des Jahres durch Bischof Wilhelm Emmanuel Freiherr von Ketteler eingeweiht.

Es ist einfacher, neugotischer Bau mit rechteckigem Chorabschluss. Die Chorwand ziert ein Rosettenfenster. Die Decke ist aufwendig und kräftig mit Ornamenten geziert. In grünendem Rankenwerk mit Früchten und Blüten die Decke über dem Kirchenschiff, die Schöpfung, die Welt symbolisierend. Geisttaube und goldener Sternhimmel auf tiefrotem Grund stehen für die göttliche Wirklichkeit, die sich im Chorraum zur Welt hin öffnet.

1890 ersteht die katholische Gemeinde für 1.400 Mark die sieben registrige Brüstungsorgel aus dem Orgelbauhaus Johannes Schlaad, aus Waldlaubersheim. 1981 wird sie von der Brüstung zurückversetzt.

Stolz der Gemeinde ist die 1999 restaurierte Rokoko-Madonna, die nun auf einer Sandsteinstele vor der linken Stirnwand vor dem Chor steht. Der Emaille-Tabernakel mit Trauben- und Ährenmotiv auf der rechten Seite ist ein Geschenk des Jugendhauses St. Martin aus Mainz. 1998 wurde die Kirche durch den Anbau von Chorerweiterung und einer neuen Sakristei bereichert. 2002 wurde die Austattung durch einen Osterleuchter und eine Ewiglichtlampe aus Edelstahl und Messing, verziert mit Bergkristall und Rosenquarz, vervollständigt.