Die Ursprünge kirchlichen Lebens in Monzernheim reichen bis ins 13. Jahrhundert zurück. 1273 wird erstmals eine Kirche erwähnt, die dem Kloster Mariengarten bei Worms geschenkt wurde.

Der ursprüngliche Kirchenpatron war St. Alban, dessen Bild sich heute noch auf dem alten Taufstein befindet.

Im Spätmittelalter war die Kirche eine wichtige Station am Jakobspilgerweg mit Reliquienbesitz und fünf Altären.
Die Reformation brachte tiefgreifende Veränderungen: Die Kirche ging zeitweise an die Reformierten über, während die Katholiken vielerorts enteignet wurden.

Nach wechselvoller Geschichte kehrte die Kirche 1705 wieder in katholischen Besitz zurück. Seitdem entwickelte sich die Gemeinde kontinuierlich weiter.

1908 wurde St. Johann Baptist offiziell zum Patron ernannt.

Durch eine große Sanierung (1990-2003) wurde die Kirche wieder zu einem besonderen mittelalterlichen Kleinod.

Der Hochaltar der Kirche zeigt ein Gemälde der Taufe Jesu durch Johannes den Täufer – Symbol für den Neuanfang und bleibende Glaubenszeugnis der Gemeinde.