Es gibt nur wenige geschichtliche Überlieferungen über die Pfarrei St. Kilian. Die darauf bezüglichen Akten sind wohl zum Teil in den Kriegswirren der Vergangenheit, besonders bei dem Verwüstungsfeldzug des Schwedenkönigs Gustav Adolf im 30-jährigen Krieg durch die hiesige Gegend, verloren gegangen.
Die Pfarrbücher beginnen erst im Jahr 1651 mit einigen Notizen. Ursprünglich war Mainflingen der Pfarrei Seligenstadt „adjungiret“ und die hiesigen Bewohner mussten an Sonn- und Feiertagen in Seligenstadt den Gottesdienst besuchen. Das dortige Benediktinerkloster beherrschte die ganze Umgegend und es ging von dieser Pflanzstätte der Religion reicher Segen aus auf die umliegenden Ortschaften.
Bei zunehmenden Bevölkerungszahlen hat ein Geistlicher von Seligenstadt die Seelsorge dann hier versehen. Es kann nicht mit Gewißheit gesagt werden, wann Mainflingen Pfarrechte erhielt; aller Wahrscheinlichkeit nach sind die Grafen von Hanau, welche als Belehnte der Herrschaft zu Babenhausen den Zehnten in hiesiger Gemarkung erhielten, die Fundatoren der Pfarrei, da sie lange Zeit das Präsentationsrecht ausübten, nachweislich bis 1716. In diesem Jahre trat der Graf von Hanau durch eine Übereinkunft dieses Recht gegen ein Äquivalent ab an den Erzbischof von Mainz, von welchem bis 1780 die Pfarrer ernannt und instituiert wurden.
Damals schloß der Erzbischof mit dem Landgrafen von Hessen-Darmstadt einen Rezeßab, kraft dessen nun die Landgrafen von Hessen die Pfarrer für die hiesige Gemeinde präsen-tierten, während die Bestätigungen und Ernennungsurkunden von der bischöflichen Behörde vollzogen wurden.
Nach einer Urkunde vom 30. Januar 1445 (Staatsarchiv zu Darmstadt) wurde an Stelle des verstorbenen Pfarrers Johannes Wilhelm der Priester Johann von Wasen, Sohn des verstorbenen Edelknechtes Konrad von Wasen, den Richtern der Kirche zu Aschaffenburg zur Pfarrkirche von Mainflingen präsentiert.
Ferner besagt eine Urkunde vom 26. Januar 1513, dass an Stelle des freiwillig zurückgetretenen Pfarrers Bernhard Oleatoris der von dem Präsentator Heinrich von Wasen vorgeschlagene Priester der Diözese Mainz, Georg Selzer, für die hiesige Pfarrei eingesetzt wurde.
Die Pfarrer und Pfarradministratoren von St. Kilian:
- Pfarrer Leonhard Walz bis 1652 (Pfarrer v. Seligenstadt und Mainflingen, bis er zum Abte des Benediktinerklosters erwählt wurde)
- Pfarrer Markus Diehl von 1653 bis 1663 ( Pfarrer von Seligenstadt und Mainflingen)
- Pfarrer Placidus Bonhofen von 1663 bis 1667 (Pfarrer von Seligenst.u.Mainflingen)
- Pfarrer Peter Blöchinger von 1667 bis 1720 (kam aus Miltenberg u. war erst Pfarrer in Hörstein, dann Seligenstadt und Mainflingen)
- Pfarrer Conrad Lotz von 1720 bis 1726 (kam aus Hörstein, war vorher Kaplan zu Seligenstadt und war der erste Pfarrer der hier auch residierte)
- Pfarrer Franz Wilhelm Klug von 1726 bis 1730 (war vorher apostolischer Missionar)
- Pfarrer Gabriel Konter von 1730 bis 1737
- Pfarrer Johann Valentin Günther von 1738 bis 1743
- Pfarrer Johann Georg Kaufhold von 1743 bis 1745
- Pfarrer Martin Molitor von 1745 bis 1752 (stammte aus Hadamar)
- Pfarrer Johann Georg Hennig von 1752 bis 1756 (aus Tauberbischofsheim)
- Pfarrer Georg Adam Mainone von 1756 bis 1762 (stammte aus Seligenstadt)
- Pfarrer Johann Friedrich Reiling von 1762 bis 1785 (stammte aus Mainz)
- Pfarrer Johann Michael Burkard von 1786 bis 1809 (stammte aus Seligenstadt)
- Pfarrer Josef Knapp von 1809 bis 1812 (stammte aus Miltenberg)
- Pfarrer Joachim Wolf von 1812 bis 1819 (stammte aus Röllbach b. Klingenberg)
- Pfarrer Johann Markus Paulinus Breuer von 1819 bis 1837 (er stammte aus Miltenberg) und war der Erbauer der jetzigen Kirche u. des Pfarrhauses)
- Pfarrer Dominikus Anton Leopold von 1837 bis 1843 (stammte aus Mainz)
- Pfarrer Theodor Rochus von 1843 bis 1850
- Pfarrer Johann Baptist Greve von 1850 bis 1884 (stammte aus Mainz und liegt in hiesiger Kirche begraben)
- Pfarrer Franz Josef Kempf 1884 bis 1887
- Pfarrer Adam Hammann von 1887 bis 1894 (stammte aus Mörlenbach Odenwald)
- Pfarrer Wilhelm Stumpf von 1894 bis 1896 (stammte aus Wattenheim b. Worms und wurde auf hiesigem Friedhof beerdigt)
- Pfarrer Nikolaus Gotha von 1896 bis 1897 (stammte aus Bürstadt)
- Pfarrer Adam Schmidt von 1897 bis 1903 (stammte aus Kolmbach i. Odenwald)
- Pfarrer Dr. Wilhelm Franzmathes von 1903 bis 1909 (stammte aus Mainz)
- Pfarrer Hugo Holzamer von 1909 bis 1920 (stammte aus Worms)
- Pfarrer Johannes Helmling von 1920 bis 1933 (stammte aus Heppenheim)
- Pfarrer Karl Lucas von 1933 bis 1958 (stammte aus Mainz)
- Pfarrer Jakob Bensheimer von 1958 bis 1966 (stammte aus Dieburg)
- Pfarrer Josef Eppel von 1966 bis 1974 (stammte aus Worms)
- Pfarrer Hans Krauser von 1974 bis 1984 (stammte aus Offenbach)
- Pfarrer Edmund Heiser von 1985 bis 1993 (Pfr. Heiser stammte aus Bürstadt)
- Pfarrer Josef Maria Laube von 1993 bis 1995 als Pfarradministrator eingesetzt
- Pfarrer Michael Eich von 1995 bis 2002 ( gebürtiger Offenbacher)
- Pfarrer Bernhard Gugerel 2002 bis 2021
- Seit Juli 2021 ist Pfarrer Stefan Selzer Pfarradministrator