Die Geschichte der Orgeln in St. Bonifatius ist wechselhaft. Mit der Eule-Orgel (Einweihung am 12.September 2015) ist die vierte große Orgel zum Einsatz gekommen. Allerdings ist es das erste Mal, dass hier zwei vollständig funktionsfähige Orgeln erklingen.
Für das erste katholische Gotteshaus in Gießen nach der Reformation lieferte der Mainzer Orgelbauer Bernhard Dreymann 1841 eine vollmechanische Schleifladenorgel mit 15 Registern auf zwei Manualen und Pedal. Drei weitere Register waren vorbereitet, wurden aber aus Kostengründen nie gebaut. Das Instrument wurde 1905 in die neu erbaute St. Bonifatius-Kirche versetzt, 1936 dort auf der damals neuen Empore aufgestellt. Am 6. Dezember 1944 fiel sie den Luftangriffen zum Opfer.