1650 schenkte der Kurfürst Philipp von Mainz das von den Konvenualen aufgegebene Kloster in Dieburg den Kapuzinern.
1692 errichteten die Kapuziner mit Zustimmung und Förderung des Kurfürsten ein neues Kloster bei der Wallfahrtskirche in der Vorstadt, weil das alte Kloster unbewohnbar geworden war.
1801 beschloß Napoleon im Frieden von Luneville die Aufhebung der meisten Klöster. Auch das Kapuzinerkloster in Dieburg fiel der Säkularisation der Kirchengüter zum Opfer.
1822 mußten die letzten Brüder das Kloster verlassen: es wurde in ein Gefängnis umgewandelt.
1860 rief der Mainzer Bischof Wilhelm Emmanuel von Ketteler die Kapuziner nach Dieburg zurück. Sie wohnten zunächst bei Privatleuten. Inzwischen bauten sie im Minnefeld ein neues Kloster.
1868 wurde die neue Klosterkirche von Bischof von Ketteler zu Ehren des Heiligsten Herzens Jesu geweiht.
1909 wurde das Kloster durch einen Flügel erweitert. Dieser neue Teil diente von 1939-1945 Flüchtlingen als Wohnung, und später den litauischen Priestern zur Litauerseelsorge in Südhessen.
1962/63 wurde die Kirche im Geiste der Liturgiereform des Zweiten Vatikanischen Konzils renoviert.
2006 wird das Kapuzinerkloster zum Zentrum für Berufungspastoral der Rheinisch-Westfälischen Kapuzinerprovinz bestimmt. Das Kloster Dieburg ist heute eine kleine Brüdergemeinschaft von fünf Kapuzinern, die in Stille, Besinnung, Gebet und vielfältiger pastoraler Arbeit GOTT den ersten Platz in ihrem Leben einräumen möchten. Sie wollen aber auch dasein für die Menschen, die Rat und Hilfe suchen. Darüber hinaus helfen sie wie in früheren Zeiten in der Seelsorge mit in den umliegenden Gemeinden. Regelmäßig übernehmen sie Gottesdienste im St. Rochus-Krankenhaus, im Altenheim und in der Justizvollzugsanstalt. Das Kloster bietet christlich interessierten Männern die Möglichkeit, für eine bestimmte Zeit (ein paar Tage) im Haus mitzuleben.
2012 Die Kapuziner verlassen Dieburg