Über Jahrhunderte hinweg war Zellhausen der Pfarrei Seligenstadt als eine ihrer drei Filialen Zellhausen, Klein-Welzheim und Froschhausen zugeordnet. Die Pfarrei Seligenstadt war dem Kloster bis zu dessen Auflösung 1803 inkorporiert. Bis zum Ende des 18. Jahrhunderts waren die Menschen in Zellhausen Leibeigene des Bischofs von Mainz.
An Sonn- und Feiertagen hielten Geistliche aus der Mutterpfarrei, die sogenannten Altaristen, die Messfeiern. Sie wurden dafür vom Bürgermeister mit 1 Gulden bezahlt. Wie stark die Abhängigkeit von der Mutterpfarrei war, zeigt sich darin, dass die Bürger der Filialgemeinden sogar ihre Toten auf dem Friedhof in Seligenstadt begraben mussten. In eher weltlichen Angelegenheiten verlieh die Mutterpfarrei z.B. Geld an ihre Pfarrkinder in den Filialgemeinden, die dafür ihre Grundstücke verpfändeten.
Die Gläubigen empfanden die Betreuung durch die Altaristerei als unbefriedigend, da z.B. zuweilen, besonders bei schlechtem Wetter, der Altarist auch einmal ausblieb. Nach vielen Rückschlägen gelang es um 1839, wesentliche Verbesserungen zu erzielen. U.a. fanden nun regelmäßige Gottesdienste statt. Dem Ziel, sich aus der Abhängigkeit von Seligenstadt zu lösen, kam Zellhausen schließlich mit der Erhebung zur Pfarrkuratie 1872 sehr nahe. Vorausgegangen waren schwierige Verhandlungen und tiefgreifende Veränderungen in der politischen Landschaft Deutschlands. Bereits seit Mitte der 1850er Jahre zeichnete sich eine zunehmende Trennung von Staat und Kirche ab. Mit der Gründung des Deutschen Reiches 1871 und dem Reichskanzler von Bismarck an der Spitze der Macht wurde diese Entwicklung forciert. So ist die Erhebung Zellhausens und vieler anderer Filialen zu Pfarrkuratien bzw. Pfarreien auch als Maßnahme der Mainzer Diözese zu sehen, ihre Position auf dem Land durch die Schaffung von Kirchengemeinden als Gegengewicht gegen den Staat zu stärken. Der Zellhausen zugeordnete Pfarrkurator, Bernhard Lesker, betrieb mit großem Eifer und der Unterstützung seines Vorgesetzten, Stadtpfarrer Weckerle, den Bau eines Pfarrhauses, für das die Gemeinde das Gelände und einen Teil der finanziellen Mittel bereitstellte (und später auch Eigentümer wurde). Damit erfüllte er die Mainzer Bedingung für die Erhebung zur Pfarrei, so dass Zellhausen 1874 den Status der Pfarrei erhielt. Die Katholiken der Nachbargemeinde Harreshausen wurden Zellhausen zugeordnet. Die dem heiligen Wendelinus geweihte alte Kirche wurde Pfarrkirche. Gehalt und Feuerholz erhielt der Pfarrer von der politischen Gemeinde. Die zunehmende Trennung von Kirche und Staat brachte hier jedoch diverse Veränderungen und führte in der Zukunft noch des öfteren zu Streit, so z.B. um das Losholzdeputat (im Prinzip der Anspruch auf Feuerholz) der Pfarrei oder um die bauliche Unterhaltung von Kirche und Pfarrhaus. Im gemeindlichen Leben waren die Folgen dieser Entwicklung z.B. in der Einführung der standesamtlichen Trauung, der Ehescheidung und der Kirchensteuer erfahrbar.
Um die Jahrhundertwende zeigte sich immer deutlicher, dass die alte Kirche von 1783 zu klein geworden war. So beschloss man 1902, ein neues Gotteshaus zu bauen. Baubeginn war 1903. Durch die tatkräftige Mithilfe der Zellhäuser und den Einsatz und das organisatorische Geschick Pfarrer Keilmanns gelang es, in Rekordzeit und zu einem sehr günstigen Preis von rund 85.000 Mark die uns heute bekannte Pfarrkirche im Jahr 1904 fertigzustellen.
Die folgenden Jahre sind geprägt durch Pfarrer Keilmann, der intensive Gemeindearbeit betreibt und sich mit Hilfe der ihm beigestellten Kapläne vor allem der Jugend annimmt. Für die Ende der 20er Jahre ca. 1.500 Einwohner Zellhausens gab es keinen Arzt und das Krankenpflegewesen musste organisiert werden. Dieser Aufgabe nahm sich Pfarrer Haupt an, der die Gemeinde ab 1932 leitete. 1933 zogen Schwestern aus dem badischen Mutterhaus nach Zellhausen und kümmerten sich um Krankenpflege, Kinder- und Nähschule (Kinderschule=Kindergarten).
Die NS-Zeit bescherte der Gemeinde zwar keine direkte Konfrontation zwischen der Kirche und dem NS-Regime, doch sie war auch in St. Wendelinus zu spüren. So wurde kirchliches Brauchtum wie z.B. die Fronleichnamsprozessionen staatlich reglementiert. Mittelbar führten die gesellschaftlichen Veränderungen der Nazizeit zu einer sehr "konservativen" Episode in der Zellhäuser Pfarrgemeinde. Pfarrer Haupt versuchte durch eine "moralische Stärkung" seiner Pfarrkinder einen Gegenpol zum Zeitgeist zu setzen. So kämpfte er z.B. gegen Kino und Schlager, denen er kritisch gegenüber stand.
Kurz nach dem Krieg wurde auf dem alten Friedhof die Muttergotteskapelle errichtet.
Walter Merkelbach, der die Gemeinde 1960 übernahm, gelang es, die Ergebnisse des 2.Vatikanischen Konzils in Zellhausen behutsam umzusetzen. Er förderte in seiner 15jährigen Amtszeit besonders die kirchliche Vereinsarbeit, was sich z.B. in der Gründung des Kirchenchores zeigte.
Bereits ab den 50er Jahren ist Zellhausens Entwicklung immer enger mit der Gesamtentwicklung des Ballungsraumes Rhein-Main verknüpft. So stiegen auch hier die Einwohnerzahlen rapide an. Das ehemals grundkatholische Zellhausen hat sich entsprechend mit verändert. Ökumene spielt eine immer wichtigere Rolle. Neben den beiden großen christlichen Konfessionen finden sich auch Moslems, Menschen anderer Religionen oder Menschen, die sich von den Kirchen losgesagt haben. Dadurch haben sich auch die Aufgaben und die Bedeutung der Kirchengemeinde verändert. Der eng mit der allgemeinen gesellschaftlichen Entwicklung verbundene Mangel an jungen Pfarrern hat bereits 1975 direkte Auswirkungen auf Zellhausens Pfarrgemeinde. Die Pfarrei, die 100 Jahre lang immer "ihren" Pfarrer, z.T. noch mit Kaplänen, hatte, erhält den Klein-Welzheimer Pfarrer Heinrich Fleckenstein als Pfarrverwalter, der, wie auch sein Nachfolger ab 1995, Pfarrer Michael Eich, zwischen zwei Gemeinden pendeln und beiden gerecht werden muss. Mit dem Amtsantritt von Pfarrer Eich werden St. Wendelinus, Zellhausen, und die Nachbargemeinde St. Kilian, Mainflingen, gemeinsam betreut. Seit Oktober 2002 widmet sich Pfarrer Bernhard Gugerel, der die Nachfolge von Pfarrer Eich antritt, der Aufgabe, die beiden Gemeinden weiter zu einer Einheit zusammen zu führen.