28 Jahre, von 1959 bis 1987, wirkte er als Religionslehrer und Schulpfarrer im Willigis-Gymnasium Mainz / vormals Marienschule. Er unterrichtete quer durch alle neun Schuljahrgänge. In jedem Fall aber übernahm er den Religionsunterricht der 5. Klassen, um alle Schüler kennenzulernen. Er hielt für alle Jahrgänge zunächst wöchentlich, dann monatlich Schülergottesdienste, um auch über die Liturgie mit den Schülern Kontakt zu halten.
Ein besonderes Anliegen war für ihn die Schulseelsorge. Diese bestand zunächst in dem Angebot eines Mittagessens und einem anschließenden Aufgabennachmittag, an dem den Schülern durch ältere Schüler und Studenten Hilfen beim Lernen und bei der Erledigung der Hausaufgaben zukam, was zu der damaligen Zeit eine Besonderheit der Schule darstellte.
Schwerpunkt seiner Schulseelsorge war die Unterstützung der kirchlichen Jugendarbeit in der Schule. Systematisch baute er Gruppen der beiden Jugendverbände MC – Marianische Kongregation (die spätere GCL – Gemeinschaften christliche Lebens) und ND – Bund Neudeutschland (die später KSJ – Katholische Studierende Jugend) auf. Ab Mitte der 1960er Jahre kamen Gruppen der Schönstatt-Mannesjugend hinzu. Zeitweise hielten in den Räumen des Willigis-Gymnasiums über 40 Jugendgruppen ihre Treffen ab, unterstützt durch monatliche Gruppenleitertreffen der drei Gemeinschaften.
Eine Besonderheit bildeten die bis zu sechs Zeltlager während der gesamten Sommerferien. Während der ganzen Zeit war er vor Ort und für die Jungen und Jugendlichen Ansprechpartner. Selbst als fast 60-Jähriger empfand er sich für diesen Seelsorgebereich nicht zu alt – und die Jugendlichen empfanden es ebenso.
Kardinal Lehmann konstatierte in seiner Ansprache im Requiem für Werner Krimm, dass dieser zu Recht zu den Pionieren und Begründern der Schulseelsorge gezählt werden könne.