Im Kern des römischen Dieburg, das zu Beginn des 2. Jahrhunderts, in der Regierungszeit Kaiser Hadrians (117-138) entstand, beginnt im 8. Jahrhundert die Dieburger Kirchengeschichte.
Die ungewöhnlichen Maße der Kirche, das Mauerwerk, für das römisches Abbruchmaterial verwendet wurde (dabei hat man auch einen Torso der römischen Göttin Minerva aus den Fundamenten geborgen), verweisen auf eine Urkirche aus vorkarolingischer Zeit.
Erste schriftliche Nachricht über die Kirche findet man erst 1222 in einer Urkunde, in der ein Pfarrer bei einem Streitfall zum Schiedsrichter ernannt wurde. Allerdings wird er nur mit den Initialen "St" erwähnt.
In einem Siegelbrief der Kurie in Avignon, ausgestellt am 8. Oktober 1330, wird der Kirche, die den hl. Petrus und Paulus geweiht ist, ein vollkommener Ablaß gewährt. Dies geschah vermutlich hinsichtlich des Bauvorhabens zu Beginn des 14. Jahrhunderts. In dieser Zeit wurde die im Jahre 1216 durch Feuer zerstörte Kirche wieder instandgesetzt und der gotische anstelle des gleichfalls zerstörten romanischen Chores angebaut.
Erste urkundliche Erwähnungen Dieburgs stammen aus der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts. Obwohl nach der Stadtgründung die Kirche "extra murus", also außerhalb der Stadtbefestigung war, 1216 durch Feuer stark beschädigt, einige Jahre später notdürftig instandgesetzt wurde und erst 100 Jahre danach größere Umbauarbeiten an ihr erfolgten, behielt sie doch bis 1569 - und somit etwa 800 Jahre - den Rang einer Pfarrkirche.
Ein Neubau erfolgte Ende des vorigen Jahrhunderts, 1893 wurde die neue Stadtpfarrkirche eingeweiht.
Am 2. Oktober 1944 wurde Dieburg um 11.30 Uhr von mehreren Flugzeugen bombardiert. An diesem Tag wurde die Nordwestecke der Pfarrkirche samt Empore und Orgel völlig zertrümmert. Die von den Explosionen verursachten Druckwellen vernichteten außerdem alle Fenster der Süd- und Westseite und des Chors.
In den Jahren 1978/79 wurden umfangreiche Renovierungsarbeiten in der Pfarrkirche durchgeführt und eine neue Orgel angeschafft.

Die bevorstehende Jahrhundertfeier der Stadtkirche wurde zum Anlaß genommen, ihr die neugotische Ursprünglichkeit wiederzugeben. Dies geschah ab 1989 bis 1993. So wurden die 14 Kreuzwegstationen von der übertünchten grauen Farbe befreit, gereinigt, mit einem wertvollen Rahmen versehen und in ihren ursprünglichen Zustand versetzt.

Auch wurde der Hochaltar restauriert, dessen Türmchen (=Fialen) und Kreuzblumen ergänzt werden mußten, bevor man ihn im freigelegten alten Farbstil erneuerte. Danach erfolgte die Instandsetzung des Marienaltars, dessen Gesprenge sich in den letzten Jahren bedenklich nach vorne neigte und abzubrechen drohte. Er wurde abgebaut, in der Werkstatt gereinigt, neu vergoldet und wieder an seinem Standort aufgebaut. Als nächstes wurde die Rochusstatue vollkommen vom schwarzen Farbton befreit. Hierbei kam die frühere Farbgebung mit dem vorwiegenden Gold zum Vorschein, so daß es hierbei lediglich einer Auffrischung bedurfte. Auch der Wambold'sche Taufstein aus dem Jahre 1685 erhielt eine Auffrischung. Die Aufstellung der um das Jahr 1400 geschaffenen Pieta am Haupteingang wurde von der Gemeinde sehr begrüßt. Wegen umfangreicher Schäden durch Holzschädlinge mußte auch der Dachstuhl renoviert werden. Eine große Aufgabenstellung war auch die Erneuerung der Kirchenfenster, die größtenteils seit dem Luftangriff im Jahre 1944 noch mit einer Notverglasung versehen waren. Die Erhaltenen auf der Nordseite des Kirchenschiffes im Nazarenerstil und vorhandene Reliefs von Heiligen dienten als Vorlage für die 7 neuen Kirchenfenster auf der Südseite der Kirche. Zur Wärme- und Schalldämmung, sowie zum Schutz gegen äußere Einflüsse erhielten alle Fenster der Kirche eine Schutzverglasung mit Acrylglas.

Aus der Chronik der Pfarrei St. Wolfgang:

Bereits Dekan Geoerg, von 1940-1962 Pfarrer von Dieburg, war nach eingehenden Beratungen mit den verschiedensten Gremien zu der Überzeugung gelangt, dass man die Errichtung einer zweiten katholischen Gemeinde in Erwägung ziehen müsse. So wurde für das Baugebiet im Westen ein 4600qm großes Gelände an der heutigen Berliner Straße erworben. Da sich wenige hundert Meter vom vorgesehenen Bauplatz das uralte "Wolfgangshäuschen" befand, wurde der Vorschlag, der neuen Kirche den heiligen Bischof Wolfgang als Schutzpatron zu geben, von Bischof Dr. Hermann Volk auch gutgeheißen. Trotz langen Ringens in den folgenden Jahren, ob der vorgeschlagene Bauplatz der richtige sei, konnte man nach Abschluss aller Beratungen etwa 1964 mit den Vorplanungen beginnen. [...] Im selben Jahr wurden sieben Architekten aus Dieburg, Würzburg, Darmstadt, Frankfurt und Kriftel eingeladen, Entwürfe samt einem Modell für ein Gemeindezentrum bis 31.März 1968 abzugeben. Das Raumprogramm umfasste: eine Kirche mit ca. 400 Sitzplätzen, Pfarrhaus, Jugendräume und Kindergarten. Pfarrgemeinderat, Kirchenstiftungsrat sowie das Bischöfliche Ordinariat gaben schließlich dem Entwurf des weitbekannten Würzburger Dombaumeisters Hans Schädel den Zuschlag.
Im darauffolgenden Jahr 1969 wurde nun das Gebiet der neuen Pfarrkuratie St. Wolfgang umschrieben:
"Die Pfarrkuratie St.Wolfgang grenzt nach Osten an den Glaubersgraben; nach Süden an die Bundesstraße 26; die Pfarrgrenzen nach Westen und Norden fallen zusammen mit der Gemarkungsgrenze der Stadt Dieburg."
Bereits am 27. Mai 1969 unterzeichnete Bischof Dr. Volk die "Urkunde über die Errichtung der Pfarrkuratie Dieburg, St. Wolfgang", deren Bestimmungen mit dem 1. Juni 1969 wirksam wurden.
Bald danach (am 1. September 1969) wurde Klaus Derstroff zum Pfarrer der neuen Pfarrgemeinde ernannt und am Sonntag, dem 7. September, während eines Gottesdienstes in der Pfarrkirche St.Peter und Paul durch Dekan Johannes Felix Schmitt in sein Amt eingeführt. [...] Am Samstag, dem 13.September 1969, erfolgte der feierliche erste Spatenstich auf dem Baugelände an der Berliner Straße. [...] Nach einem strengen Winter konnte am 6.Mai 1970 das Richtfest für den Kindergarten und das Pfarrhaus begangen werden [...] Bereits am Sonntag, dem 25. 10. 1970, erfolgte durch Domkapitular Richard Fahney die Grundsteinlegung der Kirche. [...] Am Samstag vor Palmsonntag, dem 25. März 1972, war dann der lang ersehnte Tag der Kirchweihe von St. Wolfgang. Während eines festlichen Gottesdienstes gab Bischof Dr. Hermann Volk dem Gotteshaus und dem gesamten Gemeindezentrum die kirchliche Weihe. Nun konnte die Pfarrgemeinde in die neuen Räume einziehen und sie mit Leben erfüllen. [...]

K. Derstroff

Der Platz auf dem sich heute die Wallfahrtskirche erhebt, war ehemals der Mittelpunkt des römischen Dieburg. Von der reichen Stadtkultur der Römerzeit zeugt jeder Quadratmeter des Dieburger Bodens, aber es ragt davon über die Erde nicht ein einziger Mauerstumpf. Hart an römische Mauerruinen lehnen sich die Fundamentmauern dieser Wallfahrtskirche an. Zwischen der Straße und dem Hauptschiff der Kirche verlaufen Mauerzüge, zu denen auch ein quadratisches Turmfundament gehört, das unter der Südapsis des Querschiffs steckt. Schon in vorkarolingischer Zeit entstand jene dreischiffige Basilika, auf deren Grundmauern noch jetzt das Hauptschiff der heutigen Kirche ruht. Mit ihrem geräumigen Chor, ihrem gradlinigen Abschluß nach Osten und ihrem rätselhaften Maßsystem ist sie unter den vergleichbaren Kirchen des 8. Jahrhunderts die altertümlichste. Für 14 Ortschaften war diese Pfarrkirche das einzige Gotteshaus des Sprengels, der ein geistliches Halbstift bildet. Patrone der Kirche waren die Apostelfürsten Petrus und Paulus.
Es war ein schwerer Schicksalsschlag für das Dieburger Land, als diese Kirche 1216 niederbrannte. Bei dem Wiederaufbau beschränkte man sich auf die Modernisierung der schadhaft gewordenen Teile, Basen und Kämpferkapitelle. Als Ersatz für den abgetragenen freistehenden Glockenturm bekam die Kirche einen neuen vor der Mitte der Westfront. Über dem Fundament des alten Glockenturms errichtete man eine kleine Marienkapelle, die 1232 eingeweiht wurde. In der 2. Hälfte des 14. Jahrhunderts wurde der Kirche in gotischem Stil ein rippengewölbter Chor mit überhöhtem Dach angefügt, der Turm im Westen erhielt einen Oberbau, die Seitenschiffe wurden bis auf einen Kapellenraum niedergelegt, die Arkaden zugemauert, um dem Kircheninnern im Gegensatz zum bisherigen Zustand eine größere Schlankheit in der Längsrichtung zu geben. Auch die alte Sakristei im Norden des Ostchors erhielt ihr gotisches Gewölbe. Dieser hochgestimmten Bauzeit gehören die Reste der Malerei an den Apsiswänden, das schlichte Sakramentshäuschen des Ostchors und das Kruzifix an der südlichen Außenwand an.

Seinen Gipfel erreichte der religiöse Aufschwung des gotischen Zeitalters in Dieburg mit der Aufstellung der einzigartigen Pieta, dem heute noch hochverehrten Gnadenbild zu Dieburg.
Als Erzbischof Daniel Brendel von Homburg im Jahre 1569 der Pfarrei Dieburg die seitherige Minoritenkirche als Pfarrkirche zuwies, konnte das alte Dieburger Gotteshaus ausschließlich zu dem werden, was es noch heute ist, nämlich zur Wallfahrtskirche.
Für den Zustrom der Wallfahrer war sie jedoch nicht geräumig genug. In dem kriegerischen 17. Jahrhundert konnte eine Vergrößerung nicht erfolgen, doch am Ende dieses Jahrhunderts, 1697, erbaute man das südliche Querschiff nach der Niederlegung der Marienkapelle. Die Einwölbung der gesamten Kirche, die bis dahin flach gedeckt war, begann 1701 in der Art eines Tonnengewölbes mit Fensterstichkappen, sogar der gotische Ostchor wurde in dieses Gewölbesystem einbezogen, nachdem das Netzgewölbe entfernt worden war. Man erkennt dies noch an den Kragsteinen. Der Raumgewinn im Süden war so überzeugend, daß man anschließend auch ein etwas höheres und längeres nördliches Querschiff zufügte. Dadurch erhielt der Gesamtraum seinen Schwerpunkt im Westen. Man trug diesem Umstand Rechnung durch Aufstellung des Hochaltars vor dem Westeingang. Auch die Portale und vergrößerten Rundbogenfenster gehören diesem Bauabschnitt an. Die Decke erhielt ihre barocke Bemalung im Ornamentstil. Die Altäre schuf der Dieburger Kunstschreiner Joh. Pet. Achtekirch, nämlich den Josefsaltar, der als Hochaltar in der Mitte stand, ferner den Laurentius- und Antoniusaltar. Mit der Stiftung der Kanzel und der Aufstellung der Orgel kam 1759 die barocke Ausstattung zum Abschluß.
Erzbischof Joh. Friedr. K. v. Ostein empfand sodann das Bedürfnis, dem Dieburger Gnadenort von sich aus einen neuen Hochaltar zu stiften. Er beauftragte 1749 seinen nachmals berühmt gewordenen Stukkateur Joh. Pet. Jäger mit der Ausführung und ließ sein eigenes Wappen über dem Gnadenbild aufhängen mit dem Spruchband EX VOTO (d.h. auf Grund eines Gelübdes).
Mehr als ein Jahrhundert lang tobten wiederum die Wetter um das alte Gemäuer der Gnadenkapelle und verursachten bedenkliche Schäden. Da reifte der Plan zum Abbruch und gänzlichen Neubau, für den fromme Spender schon über 150.000 Mark zusammengebracht hatten. Doch die Inflation von 1923 verwehte dieses Kapital und rettete das tausendjährige Heiligtum vor dem Abbruch. In den Jahren 1929/30 erlebte die Wallfahrtskirche ihre bauliche Sicherung und stilvolle Restaurierung. Im Zusammenhang damit erhielt sie auf der Nordseite einen Außenaltar, der durch einen säulengetragenen Baldachin geschützt ist. Die Grabsteine des alten Friedhofs wurden 1948 abgetragen und die Stationskapellen der sieben Schmerzen Mariä errichtet.

Im Frühjahr 2010 verstummte nach über 250 Jahren die Prachtvolle Orgel und ein Keyboard musste sie vorrübergehend ersetzen. Doch da eine Orgel nicht durch ein anderes Instrument zu ersetzen ist, wurden, durch den im November 2010 neu gegründeten Orgelförderkreis, eifrig Spenden gesammelt. So konnte, nach der restaurierung der Empore und noch nicht völlig fertig gestellt, die neue Orgel im Auftaktgottesdienst zu den großen Wallfahrten nach Dieburg, Anfang September 2013, durch Generalvikar Dietmar Giegelmann geweiht werden. Seitdem erklingen nun wieder die Töne einer prächtigen Orgel zu den Gottesdiensten. Die entgültige Fertigstellung der Orgel geschah im Oktober des gleichen Jahres.

1650 schenkte der Kurfürst Philipp von Mainz das von den Konvenualen aufgegebene Kloster in Dieburg den Kapuzinern.

1692 errichteten die Kapuziner mit Zustimmung und Förderung des Kurfürsten ein neues Kloster bei der Wallfahrtskirche in der Vorstadt, weil das alte Kloster unbewohnbar geworden war.

1801 beschloß Napoleon im Frieden von Luneville die Aufhebung der meisten Klöster. Auch das Kapuzinerkloster in Dieburg fiel der Säkularisation der Kirchengüter zum Opfer.

1822 mußten die letzten Brüder das Kloster verlassen: es wurde in ein Gefängnis umgewandelt.

1860 rief der Mainzer Bischof Wilhelm Emmanuel von Ketteler die Kapuziner nach Dieburg zurück. Sie wohnten zunächst bei Privatleuten. Inzwischen bauten sie im Minnefeld ein neues Kloster.

1868 wurde die neue Klosterkirche von Bischof von Ketteler zu Ehren des Heiligsten Herzens Jesu geweiht.

1909 wurde das Kloster durch einen Flügel erweitert. Dieser neue Teil diente von 1939-1945 Flüchtlingen als Wohnung, und später den litauischen Priestern zur Litauerseelsorge in Südhessen.

1962/63 wurde die Kirche im Geiste der Liturgiereform des Zweiten Vatikanischen Konzils renoviert.

2006 wird das Kapuzinerkloster zum Zentrum für Berufungspastoral der Rheinisch-Westfälischen Kapuzinerprovinz bestimmt. Das Kloster Dieburg ist heute eine kleine Brüdergemeinschaft von fünf Kapuzinern, die in Stille, Besinnung, Gebet und vielfältiger pastoraler Arbeit GOTT den ersten Platz in ihrem Leben einräumen möchten. Sie wollen aber auch dasein für die Menschen, die Rat und Hilfe suchen. Darüber hinaus helfen sie wie in früheren Zeiten in der Seelsorge mit in den umliegenden Gemeinden. Regelmäßig übernehmen sie Gottesdienste im St. Rochus-Krankenhaus, im Altenheim und in der Justizvollzugsanstalt. Das Kloster bietet christlich interessierten Männern die Möglichkeit, für eine bestimmte Zeit (ein paar Tage) im Haus mitzuleben.

2012 Die Kapuziner verlassen Dieburg