Die heutigen Schwerpunkte liegen in den Bereichen Theologie, Philosophie, Ethik, Kirchengeschichte, insbesondere des Mainzer Raumes, Quelleneditionen und aktuelle Literatur zu religiösen, ethischen und gesellschaftlichen Zeitfragen.
Als Teil des kulturellen Gedächtnisses des (Erz-) Bistums Mainz hat die Martinus-Bibliothek die Funktion, das ihr anvertraute kulturelle Erbe zu bewahren, zu sammeln, zu archivieren, zu erschließen, zugänglich zu machen und zu vermitteln.
Zum kulturellen Erbe gehören u.a. ca. 270 Handschriften (ab dem 9. Jh.), 300 Handschriftenfragmente, ca. 1000 Inkunabeln (Drucke vor 1500), ca. 65.000 Alte Drucke (1501-1850) ca. 500 Grafiken und Rara aller Wissenschaftsgebiete.