Der Aufgabenbereich, der Weihbischof Guballa am meisten in Anspruch nimmt, sind die Visitationen. Zweimal im Jahr besucht er gemeinsam mit seinem Assistenten Markus Reuter ein Dekanat im Bistum Mainz, spricht mit den hauptamtlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern der Pfarreien, besucht Kindergärten und Einrichtungen der Caritas, trifft Ehrenamtliche und Firmbewerber. Immer ein Thema: der Bistumsprozess „Lebendige Gemeinden ... in erneuerten pastoralen Einheiten". Für Guballa ist der Bistumsprozess in den Dekanaten, Pfarreienverbünden, Pfarrgruppen und Gemeinden „angekommen". Anfallende Fragen seien besprochen, Probleme, die sich aufgetan haben, in gemeinsamer Anstrengung gelöst worden. „Es hat sich Vieles bewegt", resümiert er. Der Weihbischof lobt dabei den ständigen Dialog zwischen Bistumsleitung und den Haupt- und Ehrenamtlichen vor Ort. Es sei ein Verdienst aller, „dass notwendige Entscheidungen, auch wenn sie schmerzhaft waren, als ,Zeichen der Zeit' erkannt wurden und Akzeptanz erfahren haben". Der Bistumsprozess bleibt für ihn aber ein Prozess, „der eines weiteren Weges und damit noch weiterer Zeit bedarf, um zu seinem Ziel zu kommen". „Es gibt daher trotz manchem Schmerz, dass bisher Vertrautes so nicht weiter bestehen kann, eine Stimmung, die aufgrund von Veränderungen nicht unmutig wird, sondern die mitarbeitet am gemeinsamen Weg der Kirche von Mainz", fasst er die Atmosphäre in der Diözese zusammen.
Eine Folge des Bistumsprozesses sind größere pastorale Einheiten. Hier hat Guballa auch die Priester, Diakone und Ordensleute im Blick, für die er als Bischofsvikar besondere Verantwortung trägt. Seine Beobachtung ist, dass sie „als geistliche Menschen nicht Manager von mittleren Betrieben" sein möchten, sondern danach suchen, „den ihnen übertragenen Leitungsaufgaben mit einem geistlichen Profil" gerecht zu werden. Dazu gehöre es auch, einmal „Nein sagen zu können, um nicht auf großer Fläche durch die sehr vielfältigen Erwartungen überfordert zu werden", unterstreicht Guballa.
Ein weiteres großes Arbeitsfeld von Guballa: die Caritas. Das Flammenkreuz der Caritas bildet zusammen mit dem Brunnen seines Geburtsortes Marienborn sein Bischofswappen. Sein bischöflicher Wahlspruch: „Fides per caritatem - Glaube wirksam in Liebe". Der Weihbischof sieht die Caritas als einen Wesensausdruck der Kirche und ihres Engagements für die Menschen - vor allem für die Bedrängten, Leidenden, Hilfs- und Rechtlosen. „Caritas hilft, wo Not sichtbar wird. Zum einen durch ihr anwaltliches Tun, zum anderen durch konkrete Hilfe für die Betroffenen", sagt er. Und da denkt er an die Krankenhäuser, Sozialstationen, Altenheime, Hospize und Behinderteneinrichtungen, die die Caritas im Bistum Mainz betreibt. Für ihn ist dies alles auch Verkündigung des Evangeliums. „Den Armen die Frohe Botschaft zu verkünden" - für Weihbischof Guballa stellt sich die Caritas diesem Auftrag in profilierter Weise.
Auch auf überdiözesaner Ebene ist Guballa tätig. Für die Deutsche Bischofskonferenz arbeitet er in den Kommissionen Weltkirche, Ehe und Familie sowie Wissenschaft und Kultur mit, ist der zuständige Bischof für die Seelsorge an den deutschen Hochschulen. Diese sieht Guballa im Rahmen des Bologna-Prozesses vor neuen Anforderungen. „Schon jetzt ist spürbar, wie sehr die Studierenden durch ihr Studium ,belegt' sind. Der Freiraum für ein Engagement in der Hochschulgemeinde ist enger geworden", beobachtet er. Gleichzeitig sei der Beratungs- und Begleitungsbedarf in Studien-, Sinn- und Lebenskrisen gestiegen. Wichtig ist ihm der missionarische Charakter der Hochschulpastoral: „Es werden Zeugen gesucht, die unaufdringlich, aber unübersehbar durch ihr Denken, Reden und Handeln dem Evangelium eine Gestalt geben, die Zeugen des Glaubens sind."
Werner Guballa wurde am 30. Oktober 1944 in Marienborn bei Mainz geboren. Nach dem Abitur studierte er Philosophie und Theologie zunächst an der Johannes Gutenberg-Universität in Mainz und später an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom. Kardinal Jan Willebrands weihte ihn am 10. Oktober 1970 in Rom zum Priester. Im Jahr 1975 schloss Guballa seine Studienzeit in Rom mit einer theologischen Promotion über den Dominikaner Melchior Cano OP ab. Noch im gleichen Jahr nahm er seine Seelsorgetätigkeit im Bistum Mainz als Kaplan in Bensheim-St. Georg auf. Von 1977 an war er fünf Jahre als Subregens und Ökonom am Bischöflichen Priesterseminar in Mainz tätig. Im Februar 1982 beauftragte ihn Kardinal Hermann Volk mit der Leitung der Katholischen Hochschulgemeinde St. Albertus in Mainz. 1991 wechselte er als Pfarrer nach Darmstadt-St. Ludwig, wo er 1992 auch zum Dekan des Dekanates Darmstadt gewählt wurde. Am 1. Oktober 1996 übernahm Guballa in der Nachfolge von Martin Luley das Amt des Generalvikars im Bistum Mainz. Guballa wurde am 20. Februar 2003 von Papst Johannes Paul II. zum Weihbischof ernannt und gemeinsam mit Dr. Ulrich Neymeyr am Ostermontag, 21. April 2003, von Kardinal Karl Lehmann im Mainzer Dom zum Bischof geweiht. Seit 1. Mai 2003 ist er als Bischofsvikar für die Geistlichen und Ordensleute im Bistum Mainz sowie für das Institut zur geistlichen Begleitung der hauptberuflich in der Seelsorge Tätigen verantwortlich. Anfang 2004 ist Guballa von Kardinal Lehmann zum Bischofsvikar für die Caritas und zum Aufsichtsratsvorsitzenden des Caritasverbandes für die Diözese Mainz ernannt worden. Papst Johannes Paul II. würdigte ihn mit den Ehrentiteln „Kaplan seiner Heiligkeit" (Monsignore) im Jahr 1992 und „Ehrenprälat Seiner Heiligkeit" (Prälat) im Jahr 1998.