Vergleichbar ist das liturgische Konzept mit der „orientierten Versammlung", die im Herbst 2008 in der Bonifatiuskapelle des Mainzer Priesterseminars realisiert wurde. Mit der Umgestaltung wird sich die Karmeliterkirche auch als Kirche für die Jugend des Dekanates Mainz öffnen. Die Umgestaltung erfolgt nach Plänen von Professor Thomas Schmitz von der Rheinisch-Westfälischen Technischen Hochschule (RWTH) Aachen, der aus einem Wettbewerb zur Neugestaltung der Kirche als Sieger hervorging. Neben dem Siegerentwurf sind alle Beiträge des Wettbewerbs noch bis Sonntag, 19. Juli, in der Karmeliterkirche ausgestellt.
Mit Blick auf die notwendigen Sparmaßnahmen im Haushalt des Bistums Mainz sind die Baukosten im Verlauf der Planungen um die Hälfte auf rund 600.000 Euro reduziert worden, wie Johannes Krämer, Baudirektor des Bistums Mainz betont. Unter anderem wird bewusst auf einen Anstrich des Innenraums verzichtet, was einen Großteil der Ersparnis ausmacht. Der Abschluss der Baumaßnahmen ist für Ende des Jahres geplant. Die Kosten werden vom Orden und dem Bistum Mainz gemeinsam getragen. Die Ordensgemeinschaft ist zur Deckung der Kosten auf Spenden angewiesen. Unter anderem können die neuen Stühle der Kirche durch Spenden finanziert werden. Ein Stuhl der neuen Einrichtung kostet 250 Euro. In die Umgestaltung ist neben dem Bistum Mainz auch das Dekanat Mainz-Stadt und die Katholische Jugendzentrale (KJZ) eingebunden. Ausführender Architekt ist Alwin Bertram aus Rüdesheim.
Der Innenraum der Karmeliterkirche soll künftig unterschiedliche liturgische Formen zulassen wie etwa Gottesdienste in kleinen Gruppen oder größere ökumenische Gebete. Daher werden für die Gottesdienstbesucher im Kirchenraum keine festen Bänke mehr installiert, sondern Stühle. Umgestaltet werden zudem die Beichträume des Gotteshauses, das auch künftig seinen Schwerpunkt als Beichtkirche der Stadt beibehalten wird. Außerdem wird ein Reliquienschrein des niederländischen Karmeliterpaters Titus Brandsma (1881-1942) in der Karmeliterkirche aufgestellt. Er war aufgrund seiner tatkräftigen Kritik am Nationalsozialismus im Konzentrationslager Dachau ermordet und 1985 von Papst Johannes Paul II. selig gesprochen worden. Titus Brandsma hatte sich entscheidend für die Wiederbesiedlung des Mainzer Karmel nach der Säkularisation eingesetzt. Der von dem Kölner Künstler Egino Weinert gestaltete Schrein mit Asche aus dem KZ Dachau Märtyrers war im Februar dieses Jahres aus der Essener Kirche St. Maria Geburt in das Mainzer Karmeliterkirche gebracht worden, da die Kirche aufgegeben wurde.
Während der Umbauphase steht der Chorraum der Kirche weiter für Gottesdienste zur Verfügung. Allerdings gibt es in dieser Zeit andere Zeiten für die Werktagsgottesdienste. Zu Beginn der Baumaßmaßnahmen finden vom 27. Juli bis 1. August keine Werktagsgottesdienste in der Karmeliterkirche statt.
Um 1270 kamen die ersten Karmeliter nach Mainz. Die erste erhaltene urkundliche Erwähnung stammt aus dem Jahr 1285. Das erste eigentliche Kloster wurde zusammen mit der Kirche in der ersten Hälfe des 14. Jahrhunderts gebaut. Eine Blütezeit erlebte das Kloster in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts und zu Beginn des 16. Jahrhunderts. Im Zuge der Säkularisation wurde das Kloster 1802 aufgehoben.
Im Jahr 1924 kehrten niederländische Karmeliter nach Mainz zurück. Bei den Verhandlungen mit dem Bistum Mainz spielte der niederländische Karmeliter Titus Brandsma (1881-1942), eine wichtige Rolle. Der Mainzer Bischof Ludwig Maria Hugo konsekrierte die Karmeliterkirche, die zuvor als Magazin und Lager benutzt worden war, am 15. Dezember 1924.
Mit dem Bau des heutigen Klosters wurde 1963 begonnen. Die Karmeliter des Mainzer Konventes sind als Seelsorger in der Karmeliterkirche und in der Pfarrei St. Peter/St. Emmeran, in der Cityseelsorge, in der Jugendseelsorge sowie in der Altenseelsorge tätig. Auch für Glaubens- und Beichtgespräche sowie für Geistliche Begleitung stehen Brüder im Kloster zur Verfügung. Seit Oktober 2004 ist das Mainzer Karmeliterkloster Ausbildungskonvent für den Karmel in Deutschland.
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