Das Institut widmet sich der wissenschaftlichen Erforschung der Geschichte des früheren Erzbistums und heutigen Bistums Mainz. Dazu zählen bedeutende Personen wie Bischöfe und Weihbischöfe ebenso wie Persönlichkeiten aus der „zweiten“ Reihe, darunter prägende Pfarrer, Theologinnen und Theologen, Kirchenmusiker und Künstler sowie Politikerinnen und weitere Personen, die im Bistum Mainz tätig waren. Auch die Kultur-, Sozial- und Frömmigkeitsgeschichte, die Geschichte geistlicher Bewegungen und der Orden sowie die Entwicklung diözesaner Institutionen und der Pfarreien sind Forschungsthemen am Institut.
Die Ergebnisse der Forschung werden in diversen Buchreihen oder Einzelpublikationenen veröffentlicht. Daneben werden Forschungsergebnisse in Vorträgen in und außerhalb von Mainz vorgestellt. Zudem organisiert das Institut, oft in Kooperation mit anderen Institutionen wie der Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte, Ausstellungen und Tagungen, die sowohl dem Fachpublikum als auch allen Interessierten offen stehen.
Das Institut für Mainzer Kirchengeschichte wurde 1980 auf Initiative von Prof. Dr. Friedhelm Jürgensmeier gegründet. Jürgensmeier leitete das Institut bis 2013, ihm folgte 2014 Prof. Dr. Claus Arnold. Seit Anfang der 1990er Jahre ist das Institut im Rochusstift in der Heringsbrunnengasse 4 ansässig.
Seit 2019 ist im Institut die Geschäftsstelle der Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte angesiedelt.
Am 15. August 2005 konnte das Institut für Mainzer Kirchengeschichte sein 25-jähriges Bestehen begehen. Aus diesem Anlass fand auf Einladung des damaligen Bischofs Karl Kardinal Lehmann am 14. November eine Feierstunde im Haus am Dom statt.
Die Ansprachen von Kardinal Lehmann und Prof. Dr. Jürgensmeier zeigen eindrücklich Fundament, Werden und Wirken des Instituts für Mainzer Kirchengeschichte.