Das zweite Vatikanische Konzil (1962- 1965) fand mit seinen Anregungen und Wegweisungen offene Ohren und Herzen bei den etwa 700 Katholiken in Schwalheim, Rödgen und Wisselsheim. Die Einrichtung einer möglichst selbstständigen Seelsorgestelle in Schwalheim wurde geplant. Die St. Bonifatiuskirche in Bad Nauheim hatte sich längst als zu klein erwiesen, und die stark angewachsene Zahl der Katholiken in den drei Ortschaften rechtfertigten diese Überlegungen zur Entwicklung eines eigenen kirchlichen Lebens. So wurden 1964 vom damaligen Kirchenstiftungsrat von St. Bonifatius unter Pfarrer Dr. Dr. Friedrich Anton Lutz Vorbereitungen getroffen, um das Haus "Am Promenadenweg 19" und Gelände in den gegenüberliegenden "Heiligenwiesen" zu erwerben. Nach der Genehmigung durch die Bischöflichen Behörden in Mainz konnte dann nach Plänen von Architekt Anton Jakob Kretner der Umbau des Wohnhauses und der Anbau eines Gottesdienstraumes samt Nebenräumen begonnen und 1966 mit der Einweihung der Kapelle vollendet werden. Im damaligen "Bonifatiusboten" ist die Ankündigung zu lesen: „Am Sonntag, dem 21. August 1966 wird die Kapelle St. Liebfrauen in Schwalheim durch Domkapitular Josef Ludwig aus Mainz geweiht werden. Alle sind herzlich eingeladen teilzunehmen, mitzubeten, sich mitzufreuen".
Am 31. August 1966 erhielt die Gemeinde das offizielle Dekret vom damaligen Generalvikar Ludwig Haenlein "über die Errichtung des Pfarr-Rektorates Liebfrauen Schwalheim der Pfarrkuratie St. Bonifatius für die Katholiken von Rödgen, Schwalheim und Wisselsheim", und die neue Kapelle bekam den Titel „Mutter vom guten Rat".
Durch die Bezeichnung der neuen Seelsorgestelle als "Pfarr-Rektorat" kam auf der einen Seite die Selbständigkeit, auf der anderen Seite aber zugleich auch die weitere enge Anbindung und Zusammenarbeit mit St. Bonifatius zum Ausdruck. Ein 1970 gestellter Antrag an das Bistum zur Errichtung einer "Pfarrkuratie Liebfrauen", was zu einer Gleichstellung mit St. Bonifatius geführt hätte, wurde daher auch abgelehnt.
Nach dem Tod von Pfarrer Vollenbröker 1983 war kein eigener Priester mehr für die Gemeinde zuständig. Der damalige Pfarrer von St. Bonifatius Franz Knapp übernahm nun auch die Verwaltung von Liebfrauen, nach ihm die Pfarrer Richard Neumann, Hans-Joachim Wahl und David Jochem Rühl.
Zur Zeit von Pfarrer Neumann bezog 1984 der damalige Militärpfarrer am Standort Gießen Jürgen Nabbefeld das leerstehende „Schwalheimer Pfarrhaus" und zelebrierte an freien Wochenenden auch die Gottesdienste in der Liebfrauen-Kapelle. Danach zog 1987 Pfarrer Albert Schechter, ein konvertierter evangelischer Geistlicher, mit seiner Familie dort ein. Er übernahm die Aufgabe der Kurseelsorge und hielt auch Gottesdienste in St. Bonifatius und Liebfrauen. Pfarrer Thomas Korfmann feierte von 1995 bis 2009 während seiner Dienstzeit als Schulseelsorger am Gymnasium St. Lioba in der Liebfrauenkapelle vor allem Familien-Gottesdienste.
Seit 1992 bewohnt Gemeindereferent Gregor Rettinghaus mit seiner Familie das Wohnhaus; er ist im Dekanat als Geschäftsführer für die Klinik- und Notfallseelsorge tätig.
Durch einen Teilverkauf der Grundstücke konnte 1997 die grundlegende Sanierung und Modernisierung der Kapelle mit den Nebenräumen finanziert werden. Den neuen Altarraum gestaltete der Düdelsheimer Künstler Bernhard Vogel. Die Edelsteine des alten Tabernakels wurden in die neuen Tabernakeltüren wieder eingebaut. Für die katholischen Gottesdienste während der Umbauzeit stellte die evangelische Gemeinde ihre Pfarrkirche zur Verfügung. Glanzlicht in der Geschichte von Liebfrauen war dann am 6. Dezember 1997 die Weihe des neuen Altars durch Bischof Karl Lehmann.
Im Mai 1968 hatten in St. Liebfrauen wie im ganzen Bistum Mainz die ersten PGR-Wahlen stattgefunden. Der Pfarrgemeinderat als „Instrument des gemeinschaftlichen Apostolats der Pfarrgemeinde" gewann im Laufe der Jahre zunehmend an Profil und an Bedeutung. In diesem Bereich bewegten sich die Gemeinden zuerst aufeinander zu: 2007 wurden Kooperationsvereinbarungen der Pfarrgemeinderäte von St. Bonifatius und Liebfrauen geschlossen, und im Oktober 2011 bildete sich ein Gesamtpfarrgemeinderat für beide Gemeinden.
Als logische Konsequenz aus diesem jahrzehntelangem Miteinander und Füreinander einerseits und den schwindenden Ressourcen in den katholischen Gemeinden andererseits kam es dann zum 1. Januar 2015 zur Rückführung des Rektorates Liebfrauen in die neu gebildete gemeinsame Pfarrei St. Bonifatius.