St. Thomas Morus besaß zunächst eine kleine Orgel des Osnabrücker Orgelbauers Matthias Kreienbrink, die sechs Register hatte. Im Zuge des Orgelneubaus wurde das Instrument nach St. Marien in Großen-Buseck verkauft.
Seit 1971 befindet sich auf der Südseite links neben dem Altarraum die neue Orgel derselben Firma. Sie verfügt über zwei Manuale (Hauptwerk und Brustwerk) und Pedal mit insgesamt 21 Registern plus Spielhilfen.