Die katholische Pfarrkirche St. Stephan in Mainz wurde 990 von Erzbischof Willigis, der auch den Mainzer Dom erbaut hatte, auf der höchsten Erhebung der Stadt gegründet. Willigis wollte mit ihr die "Gebetsstätte des Reiches" schaffen. In der Kirche war ursprünglich ein Stift untergebracht. Der Probst des Stiftes verwaltete eines der Archidiakonate (mittelalterliche Organisationseinheit, ähnlich den heutigen Dekanaten) des Erzbistums.
Der heutige Bau datiert jedoch aus späterer Zeit. Um 1267 begonnen, wurde er um 1340 fertiggestellt. Der Nachfolgerbau behielt jedoch die Vorgaben des Grundrisses des Willigis-Baus und damit die Ausgestaltung als Doppelchoranlage bei. St. Stephan ist damit die älteste gotische Hallenkirche am Mittelrhein und die nach dem Dom bedeutendste Kirche der Stadt Mainz.
Von 1462 - 1499 wurde der Kreuzgang an die Südseite angefügt. In der Barockzeit wurde St. Stephan entsprechend ausgestattet. 1857 explodierte jedoch ein nahegelegener Pulverturm (Mainz war im 19. Jh. Bundesfestung), wodurch die barocke Ausstattung der Kirche wieder verloren ging. Im Zweiten Weltkrieg wurde St. Stephan schwer beschädigt. Insbesondere der große Westturm musste danach in einem komplizierten Verfahren restauriert werden. Nicht wiederhergestellt wurden jedoch die Gewölbe von Langhaus und Chor, die nun durch eine flache Holzdecke ersetzt sind.
In seiner heutigen Form ist St. Stephan also eine dreischiffige gotische Hallenkirche mit Chören im Osten und Westen sowie mit einem großen achteckigen Glockenturm über dem Westchor.