Die ehemalige Benediktinerabtei St. Marcellinus und Petrus liegt inmitten des Stadtkerns von Seligenstadt.
Die Klosteranlage, die zwischen 830 und 840 entstand, ist heute in ihrer barocken Umgestaltung erlebbar. Die karolingische Basilika - jetzt als Pfarrkirche - dient nach der neunjährigen Unterbrechung nach der Säkularisation 1803 noch immer dem Gotteslob. Bis in unsere Tage bildet die Dreitürme-Gruppe der ehemaligen Abteikirche ein weithin sichtbares Wahrzeichen in der Mainsenke zwischen Spessart Odenwald und Taunus für Seligenstadt, das sich in einem in den Jahrhunderten immer erweiternden Radius an den Mainbogen schmiegt.
Eine volkstümliche Sage ruft mit dem Namen der Stadt die Erinnerung an Einhard wach, den einflussreichen Ratgeber und Biographen Karls des Großen. Einhard selbst wollte seine Gründung an die Zeugen der frühen Christenheit rückbinden und die Verbindung mit Rom stiften. Deshalb "besorgte" er, wie es zu seiner Zeit üblich war, die Reliquien zweier bedeutender römischer Märtyrer, die im alten römischen Messkanon Erwähnung finden.
Der Priester Marcellinus und der Exorzist Petrus, die in der diokletianischen Verfolgung 304 n. Chr. den Martertod erlitten, wurden zu den Schutzheiligen unserer Stadt. In christlicher Tradition hat die Verehrung der Reliquien eine "beseligende", Trost und Heil stiftende Wirkung: Aus "beseligende Stätte" wurde schließlich "Seligenstadt".
Seit etwa 830 ist die Existenz einer klösterlichen Gemeinschaft zur Pflege des Heiligenkults belegt. Der zunehmende Andrang von Pilgern und die Notwendigkeit, für die Reliquien eine würdige Verehrungsstätte zu schaffen, führte zum Bau der Abteikirche. Sie ist die größte karolingische Basilika nördlich der Alpen, die bis heute der Feier der Liturgie dient.

Seit ihrer Gründung spielt die Abtei Seligenstadt im Rhein-Main-Gebiet als Heimstätte von Religion, Kunst, Kultur und Wissenschaft bis zur Säkularisation eine bedeutende Rolle. Während des Mittelalters war die Abtei mehrfach bevorzugter Ort für Herrscherbesuche und Hoftage. Ihr kulturelles Wirken wurde durch Immunitätsprivilegien unterstützt. So bestätigte Kaiser Heinrich III. 1045 die Eigengerichtsbarkeit des Klosters und verlieh das Markt-, Münz- und Zollrecht. Diese Rechte blieben jahrhundertelang erhalten, obwohl das Kloster seit 1063 dem Erzbistum von Mainz unterstellt war. Die Bewohner der kleinen Stadt, die den Reichsadler in ihrem Siegel führte, schlossen sich in Handwerker-Zünften zusammen und strebten danach, Vorrechte des Klosters abzuschütteln. Zeitweilige Rivalität der Bürgerschaft äußerte sich in Übergriffen gegenüber dem Kloster. Bereits am Anfang des 13. Jh. hatten Unzufriedene  eine Klostermauer eingerissen. Um1525 wurden während des Bauernkrieges die Fruchtspeicher und Weinkeller der Abtei geplündert.    
Die Stadt wurde daraufhin durch Erzbischof Albrecht von Brandenburg bestraft, indem ihr die bisher geduldete Selbstverwaltung genommen wurde. Durch die Eingliederung der Abtei in die Bursfelder Union des Benediktinerordens und eine Beschränkung des Konventes auf Bauern- und Bürgersöhne konnte in der Folgezeit weiteren Missständen der Spätfeudalzeit erfolgreich entgegengewirkt werden.

Der Dreißigjährige Krieg hinterließ auch in Seligenstadt schlimme Spuren. Besonders die Jahre zwischen 1622 und 1647 bedeuteten eine schwere Zeit für Bürger und Mönche.1631 plünderten Soldaten Gustav Adolfs von Schweden das Kloster und verwüsteten das Innere der Basilika. Erst dem damaligen Abt Leonardus Colchon und seinen Nachfolgern Franciscus I. und Franciscus II. ist eine neue Blüte von Abtei und Umland zu verdanken. In den Jahren 1700 entstand das heutige Erscheinungsbild der Klosteranlage. Doch schon 1743 wurde die Maingegend erneut Kriegsschauplatz. Während der Schlacht bei Dettingen wurde das Kloster Hauptquartier französischer Truppen und nach deren Niederlage ein Lazarett.
1574 waren noch 66 Orte dem Kloster zinspflichtig gewesen (der Grundbesitz war während des Mittelalters durch königliche und private Vermächtnisse immer weiter gewachsen und lag im Maingau, dem Spessart und Kahlgrund, im Rodgau und der südlichen Wetterau). Während des 18. Jh. beschränkte er sich auf den engeren Bereich an den Mainufern. Obwohl seit 1771 die klostereigenen Pfarreien nicht mehr mit Ordensgeistlichen besetzt werden durften, behielt das Konvent einen großen Einfluss auf die Volksfrömmigkeit.

Großherzog Ludwig I. von Hessen und bei Rhein war durch die Säkularisation Eigentümer der Abtei Seligenstadt geworden und hatte sie am 1.April 1803 schließen lassen. Der letzte Abt Marcellinus II. Molitor durfte weiterhin im Kloster leben und täglich in der Abteikirche zelebrieren. Da die alte Pfarrkirche auf dem Friedhof schadhaft war, trugen die Seligenstädter dem Großherzog die Bitte vor, die Basilika als Pfarrkirche verwenden zu dürfen. Der Großherzog erfüllte 1812 diese Bitte und übergab den altehrwürdigen Kirchenraum der Pfarrgemeinde mit der Auflage, die ehemalige Pfarrkirche abzubrechen. Dies geschah 1817/1818, um mit dem Verkauf der Baumaterialien Restaurierungsarbeiten an der Basilika zu finanzieren. Damit war das Weiterbestehen der "Einhardbasilika" zu gottesdienstlichem Gebrauch eingeleitet, und Abt Marcellinus Molitor konnte am Pfingstfest des Jahres 1812 das erste Hochamt in der zur Pfarrkirche umgewidmeten Basilika feiern.