Siebzehn Erzbischöfe und Administratoren leiteten die Erzdiözese zwischen Hochmittelalter und Beginn des Abendländischen Schismas, von Konrad (I.) von Wittelsbach (1183–1200) bis zu Ludwig von Meißen (1374–1381). Seit dem 13. Jahrhundert zählten die Mainzer Erzbischöfe zu den sieben Kurfürsten, denen das Recht der Wahl des römisch-deutschen Königs und Kaisers zustand.
Konrad von Wittelsbach (um 1130–1200) studierte in Paris und Bologna und war Domherr von Salzburg und Augsburg. Von 1161 bis 1165 leitete er als 45. Erzbischof das Erzbistum Mainz (erste Amtszeit). Nach der Absetzung durch Friedrich Barbarossa ernannte ihn Papst Alexander III. 1165 zum Kardinalpriester und zum Kardinalbischof, zudem blieb er päpstlich ernannter Erzbischof von Mainz. Von 1173 bis 1177 war er Apostolischer Legat in Bayern. 1177 resignierte er auf den Mainzer Erzbischofssitz und wurde zum Erzbischof von Salzburg gewählt. Dort ordnete er die kirchlichen Verhältnisse neu und trieb den Wiederaufbau der nach einem Brand zerstörten Stadt Salzburg voran. Von 1183 bis 1200 leitete Konrad erneut das Erzbistum Mainz und war damit zugleich Kanzler des Reichs. In seiner zweiten Amtszeit belebte er das Visitations- und Synodalsystem und förderte das Ordenswesen.
Siegfried (II.) von Eppstein (um 1165–1230) stammte aus einer reich begüterten und mit dem regionalen Adel verwandten Familie und war zunächst Kanzler des Königreichs Böhmen. 1200 wurde er zum Mainzer Erzbischof gewählt, 1201 erfolgte die päpstliche Anerkennung, jedoch stritt er bis 1207 mit Lupold von Scheinfeld um die Erzbischofswürde. Siegfrieds Pontifikat stand unter dem Zeichen der reichspolitischen Auseinandersetzungen zwischen Welfen und Staufern. An Weihnachten des Jahres 1200 krönte er den Welfen Otto IV. im Mainzer Dom zum König, nach 1209 sagte er sich jedoch von ihm los und betrieb die Wahl des Staufers Friedrich II. zum Gegenkönig, den er 1212 in Mainz krönte. Zudem betrieb Siegfried eine geschickte Territorialpolitik und förderte das kirchliche und religiöse Leben durch den Ausbau der archidiakonalen Struktur sowie durch mehrere Synoden.
Als Nummer 49 der Mainzer Bischofsliste zählt Lupold (Luitpold) von Scheinfeld (gestorben 1217), der aus einem edelfreien fränkischen Geschlecht mit guten Beziehungen zu den Staufern stammte. 1191/92 war er Dompropst von Worms, von 1195/96 bis 1217 Bischof von Worms. 1200 postulierte die Mehrheit des Mainzer Domkapitels Lupold als Mainzer Erzbischof. Die Minderheit sprach sich dagegen für Siegfried II. von Eppstein aus, der Papst Innzozenz III. auf seiner Seite wusste und dem der mehrfach exkommunizierte und gebannte Lupold nach zähem Ringen 1207 schließlich unterlag. Im Wormser Hochstift musste Lupold sich mehrfach mit der territorialpolitischen Konkurrenz der Pfalzgrafen auseinandersetzen. Für die Staufer war er reichspolitisch häufig außerhalb seiner Diözesen tätig.
Siegfried III. von Eppstein (Eppenstein) (um 1195–1249) folgte 1230 seinem Onkel Siegfried II. auf dem Mainzer Erzbischofssitz. In der Reichspolitik war er bis 1241 prostaufisch orientiert, danach stellte er sich – im Kontext des Streits zwischen Gregor IX. und Friedrich II. – jedoch auf die antistaufische Seite. Als Landesherr konnte Siegfried territoriale Zugewinne in Hessen, im Weserraum, im Eichsfeld, an der Nahe und an der Tauber verbuchen. Er erwarb für die Mainzer Kirche die Reichsabtei Lorsch (OSB) und war ab 1245 als „rector fuldensis ecclesiae“ mit der Verwaltung des Benediktinerklosters in Fulda betraut. Im kirchlichen Bereich wirkte er darüber hinaus durch die Einberufung zahlreicher Konzilien und Synoden sowie durch die Konsekration des Mainzer Domes 1239.
Christian II. von Weisenau (um 1180–1253) entstammte einer begüterten Mainzer Ministerialenfamilie und stieg in der Mainzer Kirche zunächst bis zum Domdekan (1223) und Domprobst (1236) auf. Als Mainzer Erzbischof vertrat Christian ab 1249 eine antistaufische Haltung, blieb aber bezüglich militärischer Operationen zurückhaltend. Aus politischen Gründen, von Papst Innozenz IV. und König Wilhelm gedrängt, resignierte Christian 1251 auf den Erzbischofsstuhl und lebte fortan in Paris, wo er 1253 im Johanniterkonvent starb.
Mit gerade einmal zwanzig Jahren wurde Gerhard I. Wildgraf von Dhaun (um 1231–1259) Mainzer Erzbischof. Die antistaufische Partei hatte gehofft, in ihm einen Verbündeten zu finden, doch Gerhard erwies sich als schwieriger Zeitgenosse: 1252 und 1254 wurde er wegen Erpressung und politischer Eigenmächtigkeiten exkommuniziert, allerdings jeweils kurz darauf wieder in die Kirche aufgenommen. Unter seiner Ägide gelang 1254 der Abschluss eines „ewigen Bündnisses“ der Städte Mainz und Worms, dem sich weitere Städte, Grafen und (Erz-)Bischöfe anschlossen. Von 1256 bis 1257 und erneut 1258 verbrachte Gerhard seine Lebenszeit in Gefangenschaft. Im kirchlichen Bereich förderte er den aufstrebenden Franziskanerorden und legte 1253 den Grundstein für dessen Mainzer Kloster, zudem unterstützte er die Dominikaner und die Reuerinnen.
Werner von Eppstein (Eppenstein) (um 1230–1284) war ein Neffe Siegfrieds III. von Eppstein, eines Vorgängers auf dem Mainzer Erzbischofsstuhl. Ende der 1240er Jahre stieg er zum Domherrn und Domkantor sowie bald darauf zum Dompropst von Mainz auf, bevor er 1259 zum Erzbischof gewählt wurde. Im Reich wirkte er auf die Streitigkeiten der deutschen Thronfolge ein, 1272/73 förderte er die Wahl Rudolfs von Habsburg. Darüber hinaus erwies er sich als erfolgreicher Territorialpolitiker und gewann Gebiete im Spessart, im Naheraum, im Rheingau und im Odenwald hinzu. Dagegen führte sein fortdauernder Konflikt mit der Mainzer Stadtbürgerschaft 1276 zur Zerstörung der bischöflichen Pfalz in der Nähe des Domes. Von 1272 bis 1273 oblag Werner zudem die Administration des Benediktinerklosters in Fulda.
Heinrich, genannt Knoderer (Gürtelknopf, Kugulin) von Isny (OFM) (1222?–1288) war der Sohn eines Bäckers aus dem Allgäu und trat in Paris in den Franziskanerorden ein. Dort studierte er, erwarb den Abschluss eines Doktors der Theologie und wirkte als Lektor zunächst in Basel und 1273 in Mainz. 1275 erhielt er von Papst Gregor X. das Bistum Basel, das er bis 1286 leitete und dabei die Mendikantenorden förderte. Zugleich war er in diplomatischen Angelegenheiten europaweit tätig. Seit 1286 leitete er für drei Jahre das seit 1284 vakante Erzbistum Mainz. Dort stieß er auf wenig Sympathie beim hochadeligen Klerus, die Bürgerschaft der Stadt sah in dem Aufsteiger dagegen einen der ihren. In seiner Amtszeit beteiligte er sich einerseits an der finanziellen Ausbeutung der jüdischen Bevölkerung, nahm sie andererseits aber auch vor Pogromen in Schutz.
Gerhard II. von Eppstein (Eppenstein) (um 1230–1305), der vierte Mainzer Erzbischof aus der Eppstein-Dynastie, war der Neffe seines Vorgängers Siegfrieds II., Bruder Siegfrieds III. und Vetter Werners von Eppstein. Er wirkte zunächst als Propst des Bartholomäusstiftes in Frankfurt, als Domherr in Mainz und Trier, als Chorbischof von St. Lubentius in Dietkirchen sowie als Propst von St. Peter in Mainz. 1284 und 1288 wurde er von einem Teil des Mainzer Domkapitels zum Erzbischof gewählt, allerdings nicht päpstlich bestätigt. Dagegen verlieh Nikolaus IV. ihm das Erzbistum 1289 aus eigener Vollmacht. Während seines Pontifikats wirkte Gerhard intensiv in der Reichs- und Landespolitik, trieb auf mehreren Provinzialkonzilien kirchliche Reformen voran und förderte die Orden.
Der gebürtige Trierer Peter von Aspelt (Aichspalt) (1240/45–1320) stammte aus einfachen Verhältnissen. Er studierte in Bologna, Padua und Paris und stieg zum Magister der Philosophie und der Medizin auf. 1286 wirkte er als Leibarzt und Hofkaplan König Rudolfs von Habsburg, später als Propst von St. Martin in Bingen, als Domherr von Mainz, Trier und Speyer sowie als Dompropst in Trier. Von 1296 bis 1306 war er als Kanzler von Böhmen und seit 1296 zudem als Pfarrer von St. Stephan in Wien tätig. Darüber hinaus leitete er seit 1297 das Bistum Basel, bevor ihn Papst Clemens V. 1306 auf den Mainzer Erzbischofsstuhl berief, den er bis 1320 behielt. In seine Regierungszeit fielen politische Unruhen im Reich, als Landespolitiker förderte Peter den Handel und verfolgte eine Friedenspolitik, im kirchlichen Bereich führte er mehrere Provinzialkonzilien durch.
In den Jahren 1320 und 1321 leitete Balduin von Luxemburg (1285–1354) als Administrator das Mainzer Erzbistum. Der von Chronisten als stark, klug, lebensfroh und standesbewusst beschriebene Sohn des Grafen Heinrich III. von Luxemburg und Laroche studierte in Paris und stieg zum Domherrn von Metz und Trier sowie um 1305 zum Dompropst von Trier auf. Von 1307/08 bis 1354 leitete er als Erzbischof das Erzbistum Trier. Das Mainzer Domkapitel postulierte ihn 1320 als neuen Erzbischof, Papst Johannes XXII. entschied jedoch zugunsten Matthias’ von Buchegg, so dass es bei Balduins etwa einjähriger Administration von Mainz blieb. Dieses Amt übte er erneut von 1328 bis 1337 aus (siehe Nr. 58).
Matthias von Buchegg (Bucheck) (OSB) (um 1280–1328) entstammte dem Gebiet der heutigen Schweiz, trat in den Benediktinerorden ein, wurde 1304 Kustos im elsässischen Kloster Murbach und 1312/13 Propst des Klosters Luzern. Entgegen der Postulation des Mainzer Domkapitels für Balduin von Luxemburg verlieh Papst Johannes XXII. das Erzbistum 1321 an Matthias. In der Reichspolitik wahrte Matthias Zurückhaltung, als Landespolitiker erlebte er sowohl territoriale Zugewinne als auch Verluste. In der Kirchenpolitik setzte er mehrere Reformen auf einer Diözesansynode durch.
Nach seiner ersten Amtszeit in den Jahren 1320–1321 (siehe dort) leitete Balduin von Luxemburg (1285–1354) das Mainzer Erzbistum erneut als Administrator von 1328 bis 1337. Dies geschah wiederum auf Postulation des Mainzer Domkapitels und entgegen der päpstlichen Provision Heinrichs von Virneburg. Darüber hinaus nahm Balduin von 1331 bis 1332 und von 1335 bis 1337 die Administration von Worms sowie von 1331 bis 1336 auch diejenige von Speyer wahr. Nach der aufgrund der Widersetzung gegen die päpstlichen Vorgaben erfolgten Exkommunikation 1336 resignierte Balduin nach und nach auf seine administrativen Ämter. Als Trierer Erzbischof und Landesherr wirkte er vor allem als Friedenspolitiker und verstand sich auf eine geschickte Personal-, Finanz- und Wirtschaftspolitik. Zudem förderte er das systematische Lehenswesen, die territoriale Integration und das Justizsystem. Im kirchlichen Bereich baute er das Visitationswesen und die Synodenstruktur aus.
Heinrich III. von Virneburg (um 1280?–1353) hatte zunächst diverse kirchliche Stellen in Köln, Trier und Bonn inne, bevor er 1316 Generalvikar des Erzbischofs von Köln wurde. Von Papst Johannes XXII. 1328 zum Nachfolger des verstorbenen Mainzer Erzbischofs Matthias von Buchegg ernannt, musste Heinrich bis 1337 jedoch um dieses Amt mit dem vom Domkapitel postulierten und zum Administrator bestellten Balduin von Luxemburg ringen. In dieser Zeit führte Heinrich die Regierung meist von Bonn oder Köln aus. 1337/38 geriet Heinrich in den Konflikt zwischen römischer Kurie und König Ludwig von Bayern, wurde von Papst Benedikt XII. exkommuniziert und von Clemens VI. 1346 als Erzbischof abgesetzt. Das Domkapitel blieb jedoch an Heinrichs Seite, wodurch es bis 1353 zum Schisma mit dem providierten Nachfolger Gerlach von Nassau kam.
Gerlach von Nassau (1322–1371) studierte in Bologna, war dort 1341 Prokurator der Deutschen Nation sowie ab 1343 Domherr von Trier und von Mainz. 1346 von Papst Clemens VI. als Mainzer Erzbischof providiert, machte ihm sein vom Domkapitel unterstützter Vorgänger Heinrich III. von Virneburg bis 1353 das Amt streitig. Auf landespolitischer Ebene schloss Gerlach, der bis zu seinem Tod 1371 Erzbischof blieb, mehrere Landfriedensbünde, erzielte territoriale Gewinne im Neckar- und Jagstgebiet und förderte Wirtschaft und Handel. In der Reichspolitik hielt er zu Kaiser Karl IV. und war 1356 an der Abfassung der „Goldenen Bulle“ beteiligt, die für das Reich die Modalitäten der Königswahl und die Rechte der Kurfürsten festschrieb. Im kirchlichen Bereich wirkte Gerlach durch die Einberufung mehrerer Synoden.
Die Verwandtschaft mit Kaiser Karl IV. und dessen Fürsprache ließen Johann von Luxemburg-Ligny (1342?–1373) 1355 zum Domherrn von Trier und 1365 zum Bischof von Straßburg aufsteigen, wo er bis 1371 blieb. Wiederum auf kaiserliches Einwirken hin ernannte Papst Gregor XI. Johann 1371 zum Erzbischof von Mainz. In seiner kurzen Regierungszeit schloss er mit der Stadt Wetzlar einen Landfrieden, auf Ausgleich zielten auch seine Bemühungen mit den Städten Mainz und Erfurt sowie mit dem Pfalzgrafen. Mit Hessen blieben dagegen territorialpolitisch motivierte Spannungen bestehen. Sein früher Tod mit etwa 31 Jahren gab Anlass zu Spekulationen.
Aus dem Geschlecht der Wettiner stammte Ludwig von Meißen (1341–1382), der 1352 als Domherr von Mainz, 1354 als solcher von Magdeburg und seit 1355 als Domkantor in Würzburg wirkte. Von 1357/58 bis 1366 leitete er als Bischof das Bistum Halberstadt und musste in dieser Zeit mit einer prekären diözesanen Finanzsituation kämpfen. Auf Betreiben Kaiser Karls IV. transferierte Papst Urban V. Ludwig auf den Bischofsstuhl von Bamberg, wo er von 1366 bis 1374 regierte, sowie im Anschluss auf den Erzbischofsstuhl von Mainz. Der nachfolgende Konflikt mit dem vom Domkapitel postulierten Adolf von Nassau zog Kämpfe und Verwüstungen in Thüringen und Meißen nach sich. Zur Lösung kam es erst 1381, als Ludwig sich aus Mainz zurückzog und das Erzbistum Magdeburg übernahm. Im Urteil der Nachwelt gilt Ludwig als wenig tüchtig und verweltlichter Kirchenmann.